Служба в «Альфе»
В 1996 году, незадолго до выпускных экзаменов, в училище прибыла комиссия из Управления «А», которое нуждалось в квалифицированных кадрах. Из всех выпускников желание служить в «Альфе» изъявили всего 15 курсантов, среди них был и Александр. Всем кандидатам пришлось пройти тщательнейший отбор, в частности, тяжёлый экзамен на физподготовку, включавший трёхкилометровый кросс с нормативом в 10 минут, более 100 отжиманий от пола, более 20 подтягиваний на перекладине и боевой спарринг с опытным бойцом «Альфы». Помимо этого, проводился тест из 300 вопросов, на 90 % которых Александр ответил правильно при пропускном балле в 75 %. В итоге из 15 кандидатов в «Альфу» прошёл он один. Когда после экзамена его спросили, готов ли он отдать жизнь при спасении заложников, Александр ответил на вопрос утвердительно. После успешной сдачи государственных экзаменов (одна «четвёрка», все остальные предметы — на «отлично») Александр Перов был принят в престижное спецподразделение.
Служба в «Альфе» для Александра началась с должности младшего оперуполномоченного и заключалась в несении боевого дежурства с периодичностью 2-3 суток и боевой учёбе. Одной из главных задач было не только выучить меткого стрелка, хорошо владеющего приёмами рукопашного боя, но, прежде всего, грамотного тактика, умеющего осознанно действовать в составе коллектива и быстро соображать во время боевой операции. В силу хорошей военной подготовки и отличного физического развития Александр меньше, чем за год овладел мастерством штурма автобусов, самолётов, отдельных квартир и зданий с целью освобождения заложников. За успехи в оперативной подготовке, добросовестное выполнение служебных обязанностей, через год с небольшим Перова повысили в должности до оперуполномоченного и присвоили очередное воинское звание «старший лейтенант». В свободное от службы время Александр подрабатывал телохранителем крупных бизнесменов, ибо государственной зарплаты было недостаточно.
В тот же период Александр женился на Жанне Игоревне Тимошиной, сыграв свадьбу 20 февраля 1999 года. Впрочем, насладиться медовым месяцем молодым до конца не удалось: с этого же года Александр стал неоднократно выезжать в служебные командировки на Северный Кавказ, где участвовал в сложных оперативно-боевых мероприятиях по пресечению актов терроризма, в ходе которых освоил минно-подрывное дело. Сослуживцы дали ему позывной «Пух», косвенно производную от фамилии, ибо с почти двухметровым Александром внешне это прозвище не ассоциировалось.
Во время одной из командировок группа бойцов выехала на задание на бронетранспортёре, который подорвался на фугасе. В результате взрыва Перова сильно контузило и он стал плохо слышать на одно ухо, хотя родителям говорил, что уши болят от учебной стрельбы. Впоследствии Перов не раз находился в опасных ситуациях и неоднократно бывал под обстрелом, однако вторично травму головы получил в Москве, во время столкновения с осетинскими бандитами, которые сначала создали аварийную ситуацию на дороге, а на возмутившегося Перова напали с бейсбольными битами. Бандиты были найдены и осуждены, а Александру долгое время пришлось лечиться от сотрясения мозга.
После лечения командировки на Северный Кавказ возобновились. Одной из операций, в которых Александр принимал участие, стал штурм села Комсомольское, в ходе которого Перову пришлось прикрывать отход товарищей, а потом самому выходить под обстрелом боевиков.
В 2001 году у Перова родился сын Вячеслав.